Die ersten Versammlungen der Christen waren Kirchen, die sich am Vorbild der jüdischen Synagoge orientierten. Geschwisterliche Beziehungen und die gemeinsame Prägung durch den Glauben an Jesus standen im Vordergrund. Im Jahr 391 wurde der christliche Glaube zur Staatsreligion im Römischen Reich erklärt. In dieser neuen Rolle nahm die Kirche nach und nach, den römischen Institutionen entsprechend, hierarchische Strukturen an. Darin entwickelte sich vieles, was dem biblischen Ursprung wesensfremd war. Im 16. Jahrhundert übersetzten Reformatoren wie Martin Luther, Ulrich Zwingli u.a. die Bibel ins Deutsche. Durch den beginnenden Buchdruck konnte die Botschaft von Jesus Christus zum ersten Mal von vielen Menschen gelesen werden. Dies war der Grundstein für eine geistliche Reformation in großen Teilen Europas. Die Führung der Kirche ließ sich von dieser Glaubenserneuerung nicht erfassen und begann sie zu bekämpfen. Dies zwang Menschen sich zu neuen Kirchen zusammenzufinden.
Es entstanden drei große Zweige der Reformation: die Lutheraner (AB), die Helvetisch-Reformierten (HB) und die Täuferbewegung. Letztere unterschied sich von den anderen dadurch, dass sie Glauben und Leben am Beispiel der frühen Christen orientierten. Da sie nur erwachsene Menschen tauften, die ihren Glauben mündig bekennen konnten, wurden sie „Täufer“ genannt. Sie lehnten die Säuglingstaufe und hierarchische Strukturen nach staatlichem Vorbild strikt ab. Ab 1536 war diese Bewegung maßgeblich vom Holländer Menno Simons, einem ehemals katholischen Priester, beeinflusst und ließ sich nach ihm Mennoniten nennen. In Folge wurde die Bezeichnung „Mennonit“ zu einem Schutznamen den Behörden gegenüber. Damit grenzte sich der gewaltlose Teil der Täufer gegen militante und schwärmerische Entwicklungen ab, um der Verfolgung durch Behörden zu entgehen. In allen Ländern der Habsburger Monarchie fanden die Evangelisch- Reformatorischen Gedanken große Zustimmung und Aufnahme und sorgten für ein reges geistiges Klima. Überall wo es ein waches Interesse an Glaubensfragen gab, trafen täuferische Wanderprediger trotz großer Repressalien auf offene Ohren und gründeten zahlreiche Freikirchen.
Erst in der Gegenreformation wurde Österreich mit Gewalt rekatholisiert. Die täuferischen Freikirchen verzeichneten dabei die meisten Märtyrer und wurden fast zur Gänze ausgerottet oder mussten ihre Heimat verlassen. Trotz der harten Verfolgung durch weltliche und kirchliche Machthaber breiteten sich die Freikirchen in den weiteren Jahrhunderten in Europa weiter aus. Sie fanden aber ihre größte Verbreitung zunächst im nördlichen Europa und in Russland. Verfolgungsbedingt flohen quer durch die Jahrhunderte viele Täuferinnen und Täufer nach Nord- und Südamerika, wo sie bis heute sehr zahlreich sind. Starkes Wachstum gibt es auch in Afrika und Asien. Weltweit gibt es ca. 2 Million Mennoniten in über 80 Ländern (2015).
Heute existieren in Österreich wieder über 300 freikirchliche Gemeinden verschiedenster Prägung. Die Mennoniten gehören mit 4 weiteren Freikirchenverbänden zu den Freikirchen in Österreich, welche seit 2013 als Kirche staatliche Anerkennung erlangten. Die Mennonitische Freikirche Österreich zählt 2017 ca. 400 getaufte Mitglieder, die sich in 5 Freikirchen in Gmunden, Linz, Steyr, Wels und Wien versammeln.